Kurikulum pada MILBOS terdiri dari kurikulum nasional ditambah dengan kurikulum khas MILBOS yang berorientasi pada kekuatan akidah, ibadah, akhlak, serta kemandirian hidup.
Dengan kurikulum yang demikian, diharapkan para siswa tidak sekedar cerdas dalam menjawab pertanyaan akademik, tapi juga menjadi insan yang kreatif, cerdas, tangkas dan bermental kuat dalam menjawab tantangan hidup mereka di masa depan.
MILBoS menggunakan Pendekatan Belajar Sentra By Project, yaitu metode Project Based Learning yang dilakukan di kelas-kelas sentra, antara lain: sentra sains dan sentra matematika.
